康熙皇帝（汤镇业饰）病重，国师求法得知真命皇后尚未出现，致令龙体违和，唯今之计是命人去未来寻得真凤皇后与康熙匹配，皇上方能得救，此任务交予韦小宝（梁朝伟饰）执行，小宝遂乘坐罗刹国之高科技结晶——穿梭古今无敌浑天轮误到一九九三年的香港，并结识市井之徒亚超（张卫健饰），两人成为好友；另一方面，小宝认识小学教师霞女，对其渐生…前一阵子销声匿迹的女魔头天魔再次出山，这次她的目的是印在乌龙院里面壁大师右手掌舵洗髓经。于是，天魔收买了糊涂杀手黄柠檬（张卫健饰）和红柠檬（叶全真饰），派两人前往乌龙院砍下面壁大师的右手掌带回来。黄柠檬和红柠檬来到乌龙院后，遇上了寺内三名行踪怪诞的弟子，这三人不时与其师父（李明炀饰）斗法，红、黄柠檬却认为这三人不简单。…